L'abbazia è stata fondata da San Bernardo di Chiaravalle stesso attorno al 1135. Il primo documento che ne riporta l'esistenza ufficiale è, nel 1136, una institutionis paginam del vescovo Arduino stesso. Con essa il prelato concede al monastero i primi beni terrieri, cui altri seguiranno dai marchesi Pallavicino e Cavalcabò. Tuttavia l'inizio dei lavori del corpo della basilica è successivo al 1145 e si protrae per i duecento anni successivi. Già in questo antico documento si fa riferimento all'appellativo della colomba. Infatti, secondo la leggenda, mentre i monaci costruivano la chiesa in una zona diversa, una colomba si mise a volteggiare davanti a loro, raccogliendo delle pagliuzze e portandole in un luogo a circa trecento metri più a nord, delineando un perimetro di chiesa e facendo intuire ai cistercensi il luogo corretto in cui costruire. L'inizio dei lavori di costruzione viene posto poco dopo il 1145. Il compimento delle parti medioevali, così come oggi le vediamo, è scaglionato nei duecento anni successivi, dopo la distruzione di parti del cenobio monastico operata da Federico II nel 1248. Il complesso presenta il classico schema benedettino, con elementi ortogonali che consentivano successivi ampliamenti. All'interno della basilica troviamo una struttura a salienti, nervature e archetti pensili, mentre l'impianto stesso è di transizione tra romanico e gotico (foto 2). La decorazione è essenziale: san Bernardo disapprovava quando chiamò la ridicula monstruositas del bestiario medioevale, e impose interni senza decorazioni superflue. Il corpo fondamentale è la basilica, a cui aderisce un chiostro trecentesco di particolare bellezza e pregio (foto 3-9), su cui si affacciano diversi locali come la sagrestia, la sala capitolare, in cui i monaci si riunivano per decidere i loro compiti, il refettorio, la liquoreria o calefactorium, e la scala che conduceva all'antico dormitorio dei monaci, oggi adibito a sede di un'esposizione permanente.